개인사업자이면서 근로소득이 함께 있는 경우 연말정산은 도대체 어떻게 해야 하냐고요? 저도 처음에 프리랜서로 활동하면서 동시에 아르바이트처럼 근로소득을 조금씩 받고 있었는데, “개인사업자인데 연말정산까지 해야 하나?” 하는 의문이 들었거든요. 막상 알고 보니 사업소득과 근로소득은 각각 따로 생각하면 안 되고, 종합소득세 신고를 통해 모두 합산해 정산해야 한다는 사실! 오늘은 개인사업자의 근로소득 연말정산을 어떻게 처리해야 하는지, 저의 실제 경험담과 함께 꼼꼼하게 알려드릴게요.



개인사업자도 근로소득이 있으면 연말정산 대상일까요?
개인사업자라고 해도 근로소득이 따로 있다면, 그 소득에 대해서는 연말정산 또는 종합소득세 신고로 정산이 반드시 필요합니다. 일반적인 근로자처럼 회사에서 연말정산을 해주는 경우도 있지만, 개인사업자가 따로 소득이 있다면 단순히 회사에 맡기는 걸로 끝나지 않더라고요.
저는 작년 한 해 동안 제 사업을 운영하면서도 한 기관에서 강의를 하면서 근로소득을 일부 받았어요. 해당 기관에서는 저를 근로자로 등록해 급여를 지급했고, 당연히 연말에 연말정산 서류도 받았죠. 그런데 세무사 친구가 “근로소득이 있어도 사업소득이 있다면 다 종합해서 5월에 신고해야 한다”고 알려주더라고요.
결국 근로소득이 따로 정산되었더라도, 개인사업자는 5월 종합소득세 신고 시 다시 한 번 모든 소득을 합산해 신고해야 합니다. 이걸 모르고 그냥 넘어가면 누락 신고가 되고, 추징이나 가산세가 발생할 수 있으니 꼭 주의하셔야 합니다.
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근로소득과 사업소득, 어떻게 구분하고 신고할까요?
개인사업자가 근로소득을 함께 받을 경우, 소득 구분이 명확하지 않으면 세무 신고에서 혼동이 생기기 쉽습니다. 근로소득은 말 그대로 급여 형태로 받은 돈이고, 사업소득은 내 사업장에서 발생한 매출과 그에 따른 이익이죠.
제가 직접 했던 방법은 홈택스에서 제공하는 종합소득세 신고 시스템에 접속한 뒤, '근로소득' 항목과 '사업소득' 항목을 따로 입력하는 거였어요. 다행히 근로소득은 대부분 전산에 자동 등록되어 있어서 클릭 몇 번으로 불러올 수 있었고, 사업소득은 제가 따로 장부 정리해서 입력했습니다.
여기서 중요한 건 두 가지 소득이 합쳐져 '종합소득'이 되기 때문에, 공제 항목도 한꺼번에 계산된다는 점인데요. 예를 들어 연금저축이나 교육비, 의료비 같은 공제 항목은 근로소득에서만 적용되는 게 아니라 전체 소득에서 적용됩니다. 그래서 공제 항목은 통합해서 계산하고, 소득 구분만 명확하게 입력해주는 것이 핵심입니다.



근로소득 연말정산 따로 신고해야 하나요?
이 질문은 정말 자주 나오는 건데요. 회사에서 연말정산을 해줬더라도, 개인사업소득이 있다면 종합소득세 신고를 반드시 해야 합니다. 회사는 오직 해당 근로소득만 보고 연말정산을 했기 때문에, 다른 소득은 전혀 반영되지 않은 상태입니다.
저도 예전에 교육기관에서 강의를 하면서 받은 급여에 대해 연말정산이 끝난 상태였는데, 프리랜서 사업소득을 따로 신고하지 않고 넘어갈 뻔했어요. 그랬다면 국세청에서 ‘소득 누락’으로 판단했을 수도 있죠. 종합소득세 신고를 하면 이미 연말정산 된 근로소득 자료도 자동으로 연동되고, 중복 계산되지 않도록 반영되기 때문에 걱정할 필요는 없습니다.
홈택스에서는 종합소득세 신고 시, ‘근로소득 연말정산 완료 여부’를 묻는 항목이 있고, ‘예’라고 체크하면 자동으로 처리됩니다. 이 기능 덕분에 근로소득과 사업소득의 세금이 이중 부과되지 않고 정확히 조정되는데요. 이때 이미 납부한 세액도 자동 계산돼서, 오히려 환급받는 경우도 많습니다.



종합소득세 신고 시 꼭 챙겨야 할 공제 항목은?
개인사업자가 근로소득과 함께 신고할 때 가장 중요한 건 공제 항목을 빠짐없이 챙기는 것입니다. 이 부분은 연말정산과 똑같이 적용되지만, 직접 입력해야 하거나, 자료를 간소화 시스템에서 불러오는 방식이라 실수하기 쉽습니다.
저는 매년 의료비, 연금저축, 교육비, 기부금 공제는 꼭 챙겨서 신고하고 있어요. 특히 연금저축은 세액공제로 바로 세금을 줄여주기 때문에, 개인사업자에게는 정말 효율적인 절세 수단이 됩니다. 홈택스에 로그인하면 ‘연말정산 간소화 자료 조회’를 통해 전년도 공제 자료를 대부분 자동으로 불러올 수 있어서, 정확하게만 확인하면 공제를 빠뜨릴 일은 거의 없습니다.
단, 간소화 자료에 나오지 않는 일부 항목(예: 일부 교육기관, 해외 병원, 가족 부양 사실 증빙 등)은 따로 자료를 제출하거나 직접 입력해야 하므로, 사전에 증빙자료를 준비해두는 것이 좋습니다. 특히 여러 소득이 합쳐지는 경우엔 공제 금액이 커지기 때문에 절세 효과도 훨씬 큽니다.



근로소득 연말정산과 종합소득세 신고 결과가 다르면?
간혹 이런 경우도 생겨요. “나는 이미 회사에서 연말정산 했고, 환급도 받았는데 종합소득세 신고하니까 추가 납부하라고 하네요?” 당황할 수 있지만, 이건 아주 흔한 상황입니다. 근로소득 외의 사업소득이 합쳐지면 과세표준이 높아지고, 그에 따라 추가 납부세액이 발생할 수 있기 때문입니다.
저도 처음에 “어? 환급받았던 세금을 다시 내라고?” 하며 속상했던 적이 있었는데, 알고 보니 종합소득으로 합쳐서 계산할 경우 세율 구간이 달라져서 그런 거였더라고요. 이건 피할 수 없는 구조지만, 대신 각종 공제를 잘 챙기면 얼마든지 세금 부담을 줄일 수 있습니다.
만약 종합소득세 신고 후 납부세액이 나왔더라도, 분납 신청이나 자동이체 등록도 가능하고요. 일부러 신고를 피할 이유는 없습니다. 오히려 신고를 성실히 하면 국세청 입장에서도 신뢰도가 높아지고, 향후 세무조사에서도 유리하게 작용할 수 있습니다.



복잡해 보이지만, 알고 보면 단순한 구조입니다
처음에는 개인사업자에 근로소득까지 겹쳐지면 뭔가 복잡하고 어렵게 느껴지죠. 저도 처음엔 이게 이중신고가 되는 건 아닌가? 환급이 꼬이는 거 아닌가? 온갖 걱정을 했었거든요. 그런데 한 번만 제대로 신고해보면, 홈택스 시스템이 잘 돼 있어서 그 다음부턴 흐름을 쉽게 이해하게 됩니다.
중요한 건 연말정산이 끝났더라도, 근로소득과 사업소득을 종합해 5월에 반드시 신고해야 한다는 점, 그리고 그 과정에서 공제 항목을 정확히 입력하고, 이미 처리된 근로소득은 자동 반영되도록 체크하는 것이에요. 이 기본 흐름만 이해하면, 개인사업자도 걱정 없이 연말정산을 처리할 수 있습니다.
올해 근로소득과 사업소득이 함께 있으셨다면, 5월 종합소득세 신고를 꼭 챙기시고, 공제 항목도 빠짐없이 적용하셔서 꼭 환급도 받아보세요. 경험해보면 이 연말정산이라는 게, 사업자에게도 분명 보람 있고 든든한 절세 도구가 된다는 걸 느끼실 수 있을 거예요!



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